وقتی اتزیو درباره ی علت این تصمیم از نیکولو سوال می کند،نیکولو می گوید که حکومت او فقط به علت وجود اتزیو پای بر جا بود و اتزیو همواره به او در مامویت های مختلف کمک می کرده.در مقابل،اتزیو نیکولو را به عنوان مشاور اعظم (مورد اعتماد ترین مشاور) انتخاب می کند.
ماکیاول درمقر اساسین ها به تربیت اساسین ها و اجرای فرمان های اتزیو می پردازد.وی برای تماس با اتزیو از کبوتر نامه بر استفاده می کند.
بعد ها نیکولو به اتزیو می گوید که می خواد درباره ی او یک کتاب بنویسد.اتزیو موافقت می کند اما از وی خواهش می کند تا ان را به اختصار بنویسد.این ممکن است اشاره ای به کتاب the prince ، نوشته ی او باشد.
Bartolomeo d'Alviano:بارتالومئو یکی از افراد اساسین و از رهبران سربازان مزدور (مرسنری ها) بود.
در سال 1455 در شهر Alviano به دنیا امد.پدر او Francesco d'Alviano و مادرش Isabella degli Atti بود.وی به دنیا امد تا سربازی زیرک و ماهر باشد.بعد از گذراندن سال های بسیاری در ونیز,وی در سال 1496 به خانواده ی ارسینی پیوست تا دوباره در مقابل رودریگو بورجیا بجنگد.کسی که در تلاش بود تا قلمروی ارسینی را فتح کند.
مردان پاپ قدرت زیادی داشتند. چزاره هنگامی که منابع Bartolomeo در حال حرکت به سوی قلعه ها بودند، آن هارا از بین برد. بعد از آن واقعه، Carlo Orsini به همراه ارتشش به Bartolomeo پیوست و توانست به چزاره آسیب بزند.
در برادر هود بارتالامئو تحت دو قوای فرانسه و نیرو های پاپ به شدت تحت فشار است.
قوای فرانسوی توسط Octavian de Valois (که ملقب به بارون بود) رهبری می شود.وی از جنرال های ارتش فرانسه و از رهبران نیروهای پاپ بود.اما چیزی که اوضاع را بدتر می کرد این بود که همسر بارتالمیو یعنی Pantasilea Baglioni توسط بارون دزدیه شده بود.بارتالمیو تصمیم می گیرد که خود را تسلیم بارون کند تا همسرش را نجات دهد،تا اینکه اتزیو نقشه ای زیرکانه می کشد و وی را از این کار منصرف می کند.سپس همان طور که قبلا گفتیم،افراد بارتالمئو لباس افراد فرانسه را می پوشند و فرماندشان را تا قصر بارون دی والویس همراهی می کنند و بارون بدست اتزیو کشته می شود.

La volpe:حمله ی بورجیا به رم نتایج متعددی در بر داشت.از جمله این نتیجه ها می توان مهاجرت عده ای از اساسین ها به شهر ها دیگر را نام برد.La Volpe یکی از این افراد بود وی به رم رفته بود تا از بورجیا انتقام بگیرد.اتزیو او را هنگامی در رم ملاقات کرد که رئیس دزدان رم بود.اتزیو La Volpe را به همکاری دعوت کرد،ولی او حاضر نبود با نیکولو همکاری کند زیرا معتقد بود که او یک خیاتنت کار است.به هر حال،همان طور که قبلا گفته شد،La Volpe تصمیم می گیرد نیکولو را بکشد،اما اتزیو خیانت کار واقعی را پیدا کرده و جلوی La Volpe را می گیرد.از ان پس La Volpe ماکیاول را به عنوان یک دوست قبول می کند.
La Volpe در مراسم ورود کلودیا به فرقه نیز حضور داشت.
کلودیا اودیتوره:در ژانویه ی 1500،اودیتوره ها و سایر دوستان خاندان اودیتوره اماده شده بودند تا تولد کلودیا را جشن بگیرند ولی به خاطر حمله ی چزاره،این جشن به هم می خورد.بعد از اتمام جنگ اتزیو تصمیم می گیرد تا مادر و خواهرش را به فلورانس بفرستد تا از ظلم خاندان بورجیا در امان باشند.ولی برای گرفتن انتقام،ماریا و کلودیا به دنبال اتزیو به رم می روند.در رم،کلودیا پس از مرگ مادونا سولاری ،کلودیا رئیس Rosa in Fiore،فاحشـ.ـه خانه ی شهر رم می شود.کلودیا با استفاده از فاحشـ.ـه های شهر رم،موفق می شود مکان Caterina Sforza را پیدا کند.همچنین کلودیا در کشتن جوآن بورجیا،به برادرش اتزیو کمک می کند.ولی وقتی دختران کلودیا به سمت فاحشـ.ـه خانه حرکت می کنند،توسط گارد های جوآن تعقیب می شوند،اتزیو از این موضوع با خبر می شود فورا خود را به کلودیا می رساند.ولی وقتی به فاحشـ.ـه خانه می رسد،کلودیا را می بیند که بالای جسد چندین سرباز ایستاده و چاقویی در دست دارد.
مدتی بعد،کلودیا با توصیه ی برادرش وارد فرقه ی اساسین می شود و طبق رسوم اساسین ها،کف دست خود را می سوزاند و از یک بلندی به داخل رود تیبر شیرجه می زند.
وی بعد ها در کنار اتزیو،بارتالمئو،La Volpe و ماکیاول با چزاره می جنگد و او را شکست می دهد.
رودریگو بوریجا:وی یک از قدرت مند ترین مردان رنسانس، و رهبر تمپلار هاست،بر خلاف نسخه ی قبل،نقش وی در برادرهود بسیار کم تر شده.
اتزیو در این نسخه،وارد قلعه ی سانته انجلو می شود تا رودریگو را بکشد،اما رودریگو بر خلاف انچه که اتزیو می پنداشت،انجا دیده نمی شود.رودریگو بعد ها در مهمانیه جوآن بورجیا حضور می یابد و چزاره را مواخذه می کند.
سال بعد رودریگو که متوجه جاه طلبیه زیاد چزاره و قدرتمند شدن او شده بود،تصمیم گرفت چزاره را با سیب های اغشته به سم مسموم کند.ولی لوکرزیا،خواهر چزاره از نقشه ی پدر اگاه می شود و تصمیم می گیرد چزاره را از نشه ی پدر مطلع کند.چزاره که تازه یک سیب را گاز زده بود،قبل از ان که ان را کامل ببلعد،به بیرون تف می کند.چزاره از نقشه ی پدرش به شدت خشمگین می شود و او را با سیب های زهر اگین می کشد.بعد از این که چزاره پدرش را ترک می کند،اتزیو نزد رودریگو می اید،ولی می فهمد که او کشته شده است.به هر حال اتزیو برای رودریگو دعای ارامش می کند و برای بدست اوردن سیب،او را ترک می کند.
چزاره بورجیا:چزاره بورجیا از پسران رودریگو بورجیا و برادر کوچک جوآن بورجیا ی کوچک تر است.وی در 18 سالگی به مقام کاردینال رسید.برادرش جوآن،که پسر مورد علاقه ی رودریگو بود،فرمانده ی سپاه پاپ شد.چزاره می دانست که زندگی اش به عنوان یک کاردینال،به پوچی و بن بست خواهد رسید و جوآن صاحب قدرت و مقام پاپ خواهد شد.به همین دلیل برادرش را کشت و مقامش در سپاه پاپ یعنی رهبری را از او گرفت.بعد از این،چزاره به یکی از قدرتمندترین مردان در کل ایتالیا تبدیل شد.
در سال 1496 وقتی پدر وی به زمین های خانواده ی ارسینی طمع کرد و با ان ها ارسینی وارد جنگ شد چزاره نیز به نبرد پیوست.
Bartolomeo d'Alviano در میان لشکریان دشمن بود. چزاره هنگامی که منابع Bartolomeo در حال حرکت به سوی قلعه ها بودند، آن هارا از بین برد. هنگامی که پیروزی برای چزاره نزدیک به نظر می رسید، Carlo Orsini به همراه ارتشش به Bartolomeo پیوست و توانست به چزاره آسیب بزند.
در سقوط مونتریجیونی،چزاره فرمانده ی تمپلار ها بود،وی در حالی که افرادش کاترینا و ماریو را اسیر کرده بودند،در حالی که سیب باغ عدن را در دست داشت،به ماریو شکلیک کرد و اتزیو را به رم دعوت کرد.
چزاره بورجیا به لطف وجود ارتش پاپ،توانسته بود فرمانده ی تمامی رم شود.او و پدرش در بعضی از ضمینه ها با هم اختلاف داشتند.چزاره از برج های بورجیا استفاده می کرد تا بر همه ی رم تسلط داشته باشد و اعمال مردم را کنترل کند.همچنین چزاره در طول بازی،به نقاطی از ایتالیا لشکر کشی می کند تا بتواند سایر نقاط ایتالیا را هم به رهبریه خود در اورد.
در سال 1502،چزاره لئوناردو داوینچی را مجبور کرد که برای سپاه او کار کند.لئوناردو چندین سلاح جنگی برای چزاره ساخت.ولی همه ی این ماشین های جنگی،توسط اتزیو شکف و نابود شدند.
در سال 1503،میا چزاره و رودریگو بر سر قدرت نزاعی پیش امد.رودریگو همه چیزش را وقف چزاره کرده بود و او هنوز راضی نبود.چزاره سیب بهشتی را می خواست.ولی رودریگو قبول نکرد.چزاره از سبد میوه سیبی برداشت و گاز زدوولی لوکرزیا به گریه افتاد و به چزاره گفت که سیب،مسموم است و پدرشان می خواهد چزاره را بکشد.چزاره سیب را از دهانش تف می کند و رودریگو را می کشد.سپس چزاره جای سیب بهشتی را از لوکرزیا خواست و لوکرزیا به او گفت که سیب در Basilica di San Pietro پنهان شده است.چزاره به انجا می رود،ولی وقتی به مکان سیب می رسد،می بیند که سیب انجا نیست و می فهمد که سیب را دزدیده اند.اتزیو از پنجره شاهد همه چیز است.
چزاره حکومت خود را رو به سقوط می بیند،علاوه بر این،گاز زدن سیب مسوم موجب شده بود که چزاره ضعیف شود.اساسین ها به رهبریه اتزیو به افراد چزاره حمله کردند و انها را نایود کردند.چزاره از واتیکان کمک خواست اما به دستور پاپ جدید به درخواستش پاسخی داده نشد.
چزاره با والا رتبه ترین اساسین ها مواجه شد،انها همه ی افراد چزاره را کشته بودند.در همین هنگام فابیو ارسینی از راه رسید و به دستور پاپ ژولیوس دوم چزاره را دستگیر کرد.
چزاره سالها را در زندان سپری کرد،تا اینکه یک کنت با استفاده از طناب،او را از زندان فراری داد.چزاره از 70 متری دیوار سقوط کرد،ولی توسط افرادش نجات پیدا رکد،با این وجود چند تا از استخوان ها او شکست.وی در لباس تاجر ها نزد جان سوم،شاه ناوار و اسپانیا و برادر همسرش رفت.
در سال 1507،چزاره تصمیم گرفت شکوه از دست رفته اش را به کمک جان سوم باز یابد.جان سوم 10000 نفر از افرادش را به او قرض داد تا ارتش ویانا را شکست دهد،با این حال اتزیو دخالت کرد و مانع کار او شد.ابتدا اتزیو موفق شد به چزاره حمله کند،اما چزاره جاخالی داد اتزیو نتوانست چزاره را بکشد.
چزاره سعی کرد از اتزیو فرار کند،ولی اتزیو به تعقیب او پرداخت.به هر حال چند سرباز با توپ به سمت او شکلیک کردند،و چند نفر از افراد چزاره نیز جلوی او را گرفتند.
اتزیو چزاره را در نزدیکیه دیوار شهر پیدا کرد،افراد چزاره یک زن را کشته بودند،زیرا به چزاره التماس می کرد که پسرش که زخمی شده بود را نجات دهد.اتزیو و چزاره دوباره با هم روبرو شدند و با هم جنگیدند،افراد چزاره دائما به او کمک می کردند و بعد از مردن،افراد دیگری برای حفاظت از او می امدند.با این حال،اتزیو چزاره را شکست داد،اما هنگامی گه اتزیو می خوسات را بکشد چزاره گفت:
تاج و تخت (حکومت) برای من بود.
اتزیو:اگر چیزی را بخواهی،ان چیز لزوما متعلق به تو نمی شود.
-:تو چی می دونی؟
-:من می دونم که یه رهبر واقعی،مردم را صاحب قدرت می کند.
-:اما من مردم رو به جهانی دیگر راهنمایی کردم.
-:Che nessuno recordi il tuo nome(امیدوارم کسی نام تو را به یاد نیاورد).با ارامش بمیر.
-تو نمی توانی مرا بکشی،هیچ مردی نمی تواند.
-:پس من تو را به دستان سرنوشت می سپارم.
به این ترتیب چزاره از دیوار شهر سقوط می کند.
لوکرزیا بورجیا:وی دختر نا مشروع رودریگو بورجیا و خواهر کوچکتر چزاره بورجیا می باشد.
رودریگو بورجیا قبل از تولد 13 سالگی وی او را 2 بار به طور بی رحمانه نامزد خود کرد.هدف از این کار حفظ کردن پیمان های سیاسی بود.همچنین شایعه شده بود که وی با پدرش و سایر بردارانش رابطه دارد.بعد از این حوادث چزاره مسئولیت مرابقت از او را به عهده گرفت.
وی در سال 1480 در subiaco شهر کوچکی در نزدیک رم به دنیا امد.مادر وی کنت Cattanei ، Vanozza dei Cattenei یکی از معشوقه های متعدد رودریگو بورجیا بود.
وی تا کنون 3 بار به دلایب متعددی ازدواج کرده است.
نخستین ازدواج وی با Perotto Calderon بود.یکی از اعضای فرقه ی اساسین.تمپلار ها از اساسین بودن پروتو اطلاعی نداشتند.وقتی روابط بین این 2 صمیمی تر شد لوکرزیا از پروتو حامله شد!9 ماه بعد پسر این 2 به دنیا اومد.ولی ناهنجاری داشت و به گفته ی دکتر به زودی می مرد.بعد از اینکه رودریگو رابطه ی بین پروتو و لوکرزیا را فهمید پروتو رو به زندان انداخت.اما پروتو با پسرش فرار کرد.پروتو می دانست که فرقه اش به دنبال مالکیت شیئی به نام the shroud هستند.شیئی که می توانست پسرش را درمان کند.وی به Agnadello سفر کرد مکانی که ممکن بود shroud در آنجا باشد.وی به shroud رسید و از آن خواست که پسرش را درمان کند.پسر او درمان شد ولی پروتو هیچ وقت لوکرزیا رو ندید.
دومین ازدواج لوکرزیا با Alfonso de Aragon بود.دوک Bisceglie.چزاره ابتدا با ظاهر خوب لوک تحت تاثیر قرار گرفت.اما این احساس به زودی به حسادت و نفرت تبدیل شد.دلیل حسادت چزاره خوش حال بودن لوکرزیا با الفونسو بود.بعد از ازدواج کردن این دو لوکرزیا دیگر به چزاره توجهی نمی کرد.همین مورد باعث شد که چزاره مردهایش را شبانه برای قتل وی بفرستد.
اما بعد از مرگ سومین همسر لوکرزیا رودریگو ازدواج دیگری برای او ترتیب داشت.سومین همسر او Duke of Ferrara بود.این ازدواج موفق بود و لوکرزیا و سومین همسرش فرزندان زیادی به دنیا اوردن که مانع سقوط نسل بورجیا بعد از مرگ رودریگو شد.
در این نسخه،لوکرزیا مانند برادر و پدرش یکی از تمپلار های قدرتمند است.لوکرزیا در نبرد مونتریجیونی حضور داشت و هناگمی که چزاره ماریو را می کشت در سمت چپش ایستاده بود.
لوکرزیا جان برادرش را نجات داد ولی چزاره او را ازار داد تا لوکرزیا ماکن سیب بهتشی را به او بگوید.بعد از رفتن چزاره از قصر،اتزیو نزد لوکرزیا امد،لوکرزیا مکان سیب بهشتی را به او گفت و از او خواهش کرد که سیب را قبل از برادرش بدست اورد.

جوآن بورجیا ی بزرگ:وی یکی از 3 جنرال چزاره بورجیا بود که در زمان حکومت رودریگو بر رم حکم رانی می کرد.وی یکی از اعضای تمپلار ها نیز بود.
وی خزانه دار رودریگو بود و پول خزانه را برای کمک به ارتش پاپ و چزاره در متحد کردن مردم ایتالیا با تمپلار ها خرج می کرد.
وی برای اولین بار در رم دیده شد،وی در Castel Sant'Angelo همراه با سایر جنرال های چزاره درباره ی هدف های بعدیشان بحث می کرد.
بعد ها،اتزیو متوجه می شود که جوآن یک مهمانی در شهر برگذار کرده،وی با کمک ادیگیو تورچه ،سناتوری که به جوآن بدهکار است،به مهمانی او نفوذ می کند.وی پنهانی از چندین گروه نگهبانی می گذرد و جوآن را می کشد.
میچلتو کورلا:وی یکی از سه زنرال پاپ و از تمپلار ها بود.میچلتو همراه چزاره به دیدار فرانچسکو تروچه رفت.فرانچسکو تروچه که از دوستان چزاره بود،اگیدیو،برادرش را از اهداف چزاره برای فتح romanga مطلع کرده بود. اگیدیو نامه ای به سفیر ونیز نوشت تا او را از هدف چزاره مطلع کند.اما چزاره از نامه ی اگیدیو باخبر می شود و تصور می کند که فرانچسکو خیانت کار است.میچلتو،فرانچسکو را خفه کرده و به رود تیبر می اندازد.
بعد ها میچلتو مامور می شود پیترو روسی را بکشد،او توسط افراد اتزیو تعقیب می شود.اتزیو به دنبال میچلتو وارد کلوسیم می شود و همه ی افراد او را می کشد.اما هنگامی که می خواهد خود میچلتو را بکشد،متوجه می شود که پیترو مسموم شده است و مجبور می شود از کشتن او صرف نظر کند.
بعد از اینکه سیب بهشی بدست اتزیو می افتد،چزاره میچلتو را به سراغ پاپ ژولیوس دوم (پاپ جدید) می فرستد تا از او ارتشی قرض بگیرد.اما میچلتو نزد چزاره بازنگشت.سرنوشت میچلتو هنوز معلوم نیست.
Octavian de Valois:بارون اکتاویان یکی از مهم ترین افراد چزاره بود که نقش مهمی در پیوند وی با کشور فرانسه داشت.
همان طور که قبلا گفته بودیم،بارون ارتش فرانسه را به نبرد به بارتالامئو فرستاده بود و خودش همسر بارتالامئو را اسیر کرده بود.او در صورتی حاظر بود که همسر بارتالامئو را ازاد کند که بارتالامئو خود را تسلیم کند.اتزیو نقشه ای زیرکانه می کشد و لباس افراد فرانسه را به تن افراد بارتالامئو می کند.بارتالامئو وارد قصر اکتاویان می شود.اکتاویان بر خلاف قول می خود تصمیم می گیرد که همسر بارتالامئو را مقابل چشمانش بکشد.ولی اتزیو بموقع از مخفی گاهش بیرون می اید و او را می کشد.
بارون:من فقط به دنبال احترام بودم.
اتزیو:احترام کسب کردنی است.موروثی و قابل خریداری نیست.
-:شاید تو درست می گویی...من به زمان بیشتری نیاز داشتم.
-:امیدوارم هنگام مرگ،با سایرین برابر باشی......با ارامش بمیر
Il Carnefice:او یک جلاد در شهر رم و از اعضای تمپلار ها بود.
در سال 1500،Il Carnefice زنی را دار زد.شوهر این زن برای او زیر چوبه ی دارش گریه می کرد،در حالی که نمی توانست جسد همسرش را از چوبه ی دار پایین بکشد.زیرا ممکن بود خودش هم به دار اویخته شود.اتزیو متوجه این مرد می شود و تصمیم می گیرد تا در گرفتن انتقام و بر قراریه عدالت، Il Carneficeرا بکشد.اتزیو به داخل قصر او نفوذ کرد. Il Carnefice و انجمنش،در حال بحث بر روی اخرین قتلشان بودند.اتزیو سریعا Il Carnefice را می کشد و سربازانش را به قتل می رساند.با کشته شدن Il Carnefice،اعدام بسیاری از مردم بی گناه شهر متوقف شد.
Malfatto:یا دکتر یکی از تمپلار ها بود که اتزیو او را در مرحل فرعی کشت.مالفاتو لباسی مانند لباس دکتر ها می پوشید.با این حال ماسک او،کمی با ماسک دیگر دکتر دکتر ها متفاوت بود.بینی این ماسک کوتاه تر و نازک تر از بینی ماسک سایر دکتر ها بود.او از یک سرنگ به عنوان سلاح اصلی خود استفاده می کند.
Lanz :رهبر یک گروه راهزن به نام cento occhi بود.
لنز عاشق یک زن شد و از او بچه دار شد.ولی به دلایلی،بچه سقط شد و lanz دچار افسردگی شد.وی مدتی بعد به cento occhi پیوست و رهبر این گروه شد.لنز و گروهش توسط چزاره استخدام شدند تا با دزدان La Volpe مقابله کنند.
یک سال،همسر lanz دچار افسردگی شد.او به lanz گفت که یا به نزد او بر می گردد یا خودکشی خواهد کرد.او روی سقف خانه ای ایستاده بود و می خواست با رسیدن lanz خودش را به پایین پرت کند،تا به او بفهماند که Lanz چگونه مردی بوده و اکنون دست به چه کار هایی می زند.ولی اتزیو موفق می شود از خودکشی کردن زن جلوگیری کند.اتزیو به او می گوید که نباید مسئولیت کار های lanz را به عهده بگیرد.و همچنین می تواند lanz را برای او بکشد.
اتزیو به قولش عمل می کند و lanz به عنوان رهبر cento occhi و متحد چزاره بورجیا می کشد.
لئونارد داوینچی:در سال 1500 لئوناردو مجبور شد که به سرویس چزاره بورجیا بپیوندد.او برای ارتش چزاره،چندین ماشنی جنگی طراحی کرد.همچنین او مجبور شد تا pistola که نوعی سلاح گرم است را برای چزاره و سربازان پاپ بسازد.چزاره از این تفنگ برای کشتن ماریو و مبارزه با اتزیو در نبرد ویانا استفاده کرد.
با وجود همه ی اینها،لئوناردو باز هم روابط صمیمانه اش را با اتزیو و دیگر اساسین ها حفظ کرد.
برای اینکه لئوناردو توجه تمپلار ها را به خود جلب نکند،وی و اتزیو اغلب در جاهای مختلفی با هم دیدار می کردند.این مکان ها اغلب با نقاشیی که لئونارد از دست انسان می کشید و روی یک نیمکت قرار می گرفتند،مشخص می شدند.لئوناردو برای اتزیو،یک هیدن بلید دیگر می سازد تا بجای انی که در نبرد مونتریجیونی از دست داد استفاده کند.همچنین برای او دستکشی طراحی کرد تا اتزیو به وسیله ی ان بتواند راحت تر از دیوار ها بالا برود.همچنین برای او دارت های سمی و مکانیزم پرتاب انها را طراحی کرد.
به خاطر پول کمی که تمپلار ها به لئونارد می دادند،لئونارد مقداری پول از اتزیو به ازای کارهایش می گرفت.علاوه بر این،اتزیو موفق شد ماشین های جنگی ای که توسط لئوناردو طراحی شده بودند را نابود کند.در ازای این،لئوناردو برای اتزیو یک چتر نجات طراحی کرد.
بعد از اینکه اساسین ها سیب بهشتی را بدست اوردند،اتزیو و لئوناردو یکدیگر را در جزیره ی تیبر دیدند.لئوناردو توسط اتزیو مامور می شود که سیب را بازکند،با اینکه مخالف این بود،با تصمیم اتزیو مخالفتی نکرد و این کار را انجام داد.دست مزد لئوناردو هنوز کم بود بنابراین اتزیو به خاطر همه ی کمک های لئوناردو و به عنوان اینکه خودش حامی و دوست لئوناردو بود به او مقداری پول داد.
Caterina Sforza:در سال 1500،کاترینا و تعدادی از سربازانش وارد مونتریجیونی شدند تا به افراد اتزیو در حفاظت از شهر کمک کنند.اتزیو ان شب را با کاترینا سپری کرد،ولی روز بعد ارتش چزاره به شهر حمله کرد.پس از پایان جنگ،کاترینا که به اسارت در امده بود،با کالسکه به رم برده می شود و لوکرزیا بورجیا از او استقبال می کند.و سپس به مردم می گوید که این سزای کسی است که با چزاره بورجیا مخالف کتد.کاترینا سپس در قصر Sant'Angelo زندانی می شود.
مدتی بعد اتزیو برای کشتن چزاره و رودریگو به Sant'Angelo نفوذ می کند.ولی چزاره و رودریگو را پیدا نمی کند.در نتیجه تصمیم می گیرد که کاترینا را نجات دهد.او لوکرزیا را مجبود می کند که او را به زندان کاترینا ببرد.اتزیو کاترینا را از زندان ازاد می کند و با همکاری کاترینا،لوکرزیا را به داخل زندان می اندازد.سپس با اسب از Sant'Angelo فرار می کنند.کاترینا مدتی در Tiber island،پیش اساسین ها می ماند،ولی بعد از مدتی تصمیم می گیرد که به forli بر گردد،به نزد فرزندانش و جایی که بر ان حکومت می کند.
کاترینا در سال 1509 در اثر ذات الریه مرد،3 سال بعد از اینکه به فلورانس تبعید شد.
نیکولاس کوپرنیک:در سال 1500،نیکولاس به رم امد تا بر روی ماه گرفتگی مطالعه کند.در این بین،او با تمپلار ها اشنا شد و به انها پیوست.تمپلار ها از نیکولاس می خواستند که نتایج ازمایشگاه هایش را پنهان نگه دارد.نیکولاس که اهمیت بسیاری برای علم بشر قائل بود،نتوانست کشفیاتش را از مردم پنهان کند.وقتی خانواده ی بورجیا،رهبر تمپلار ها،این را فهمیدند،عده ای را برای کشتن کوپرنیک استخدام کردند.اتزیو این صحنه را دید و تصمیم گرفت نیکولاس را نجات دهد.
کوپرنیک به اتزیو اعتراف کرد که جزو تمپلار هاست.اتزیو نیکولاس را به مکان امنی رساند و نیکولاس از اتزیو خواست که چند نامه را به همکاران وی بفرستد تا انها از خطری که در کمینشان است،با خبر شوند.اتزیو مدتی بعد نزد نیکولاس بر می گردد.نیکولاس فکر می کرد که رئیس Sacred Palace،نقشه ی قتل او را کشیده است.اتزیو استاد Sacred Palace را تعقیب می کند و متوجه می شود که 5 جلاد،(ادم کش،مزدور) ازادانه در رم می چرخند.اتزیو هر 5 نفر انها را می کشد و نزد نیکولاس بر می گردد و تایید می کند که استاد Sacred Palace نقشه ی قتل او را کشیده بود.
نبکولاس،مدام به بیرون و محیط ازاد می رفت و بر روی ماه گرفتگی مطالع می کرد.استادSacred Palace،این را فرصت خوبی برای کشتن نیکولاس می دانست و چند نفر را برای کشتن او فرستاد.اتزیو استاد Sacred Palace را می کشد ولی استاد قبل از مرگش به او می گوید که نمی تواند جان نیکولاس را نجات دهد زیرا او چند نفر را براش کشتن نیکولاس فرستاده است.اتزیو به سرعت نزد نیکولاس برمی گردد و همه ی افراد استاد Sacred Palace را می کشد.
نکته:متموریت های نیکولاس کوپرنیک در یک DLC به طور انحصاری برای PS3 منتشر شده اند.
فابیو ارسینی:فابیو ارسینی پسر عمو ی بارتالامئو و یکی از متحدان اساسین ها بود.او انبار قدیمیه خود را به اساسین ها قرض داد تا از انجا به عنوان مقر اصلی خود استفاده کنند.او می داسنت که بارتالامئو،یکی از اساسین هاست و راجع به اتزیو چیز های بسیاری شنیده بود.
بعد از مرگ رودریگو و برگزیده شدن ژولیوس دوم به عنوان پاپ،فابیو رهبر سپاه پاپ شد و برای دستگیری چزاره بورجیا به رم رفت و موفق شد او را دستگیر کند.